- Керівництво
- Головний спеціаліст з питань запобігання корупції
- Головний спеціаліст з режимно-секретної роботи
- Головний спеціаліст із зв’язків з громадськістю
- Відділ організації реєстраційної діяльності та допуску водіїв до керування транспортними засобами
- Відділ логістики
- Сектор фінансового забезпечення та бухгалтерського обліку
- Сектор персоналу
- Сектор юридичного забезпечення
- Сектор організації діяльності та планування
- Сектор документального забезпечення
- Сектор взаємодії із суб’єктами обов’язкового технічного контролю
- Сектор організації допущення транспортних засобів до перевезення небезпечних вантажів та підвищення кваліфікації водіїв
- Сектор інформатизації та довідкового забезпечення
- Територіальний сервісний центр № 7441 (на правах відділу, м. Чернігів, вул. Шевченка, 162а)
- Територіальний сервісний центр № 7442 (на правах відділу, м. Прилуки, вул. Індустріальна, 6)
- Територіальний сервісний центр № 7443 (на правах відділу, м. Ніжин, вул. Московська, 78б)
- Територіальний сервісний центр № 7444 (на правах відділу, м. Мена, вул. Чернігівський шлях, 85в)